Gracias a la donación de varias personas se pudo construir el convento en diferentes fases.
La donación de “Sor María Beatriz Antonia de Cristo Arrue”, hija de un caballero de la Orden de Santiago enriquecido en Quito (Ecuador) en el siglo XVII, fue concluyente para las futuras construcciones como la iglesia, nuevos dormitorios, cuartos y claustros.
El conjunto conventual, tiene dentro del panorama constructivo del momento una gran significación. La planta de la iglesia es un rectángulo en el que se inscribe una cruz latina. El coro se sitúa a los pies, ocupando dos tramos, cerrándose el templo por medio de bóvedas de cañón con lunetos, y culminándose el crucero con bóveda de media naranja apoyada en pechinas.
RETABLO MAYOR: XVIII. Barroco – Rococó. Declarado Monumento Histórico Artístico.
Inmaculada Concepción es la imagen más señalada del conjunto. El retablo fue ejecutado por Fray Jacinto Sierra y Fray Esteban López y costeado por los hermanos Martín y Juan Antonio de Lardizabal y Elorza a expensas de sus hermanas residentes en el convento, Sor María de San José y Sor María Antonia de San Miguel. El dorador y pintor vecino de Zumárraga fue Jose Maria Anson.
Hasta el año 2022 residían en clausura las monjas concepcionistas.